成長加速化補助金3次公募｜2次の計画を使い回すと落ちるかも

「2次で練った計画があるから、3次は様式を移し替えれば間に合う」。中小企業成長加速化補助金の3次公募が8月20日に公表され、受付が9月29日から10月29日15時までと決まりました。2次で惜しくも落ちた会社も、準備が間に合わずに見送った会社も、投資の中身と数字は固まっている分、こう考えたくなるのは自然なことです。

ただ、事務局が出している「2次公募対照版」の公募要領を一枚ずつ読み比べてみると、3次は2次と同じ感覚では出せません。変更の大半は表現の整理ですが、2つだけ、計画の組み立て方そのものを変えないと審査で不利になる変更が混ざっています。しかもどちらも、2次の計画を見直しているだけでは気づけない。2次の時点では審査の対象になっていなかった論点だからです。

私は静岡県伊東市で開業している行政書士・中小企業診断士で、補助金事務局で100件を超える事業計画の審査にあたってきました。この記事では、3次公募要領の対照版をもとに、申請に本当に影響する変更を2つに絞って、何がどう変わったのか、2次の計画のどこを直せばよいのかを整理します。投資額1億円以上、補助上限5億円という制度ですから、要領の読み違いがそのまま不採択となると影響が大きいので注意ください。

「2次の計画を手直しすれば済む」が危ない理由

対照版の変更箇所を拾っていくと、おおよそ3つの系統に分かれます。

• 「足下の賃上げ」という審査項目の新設
• 投資額1億円の数え方と、外注費・専門家経費の対象範囲の絞り込み
• 基準年度・最終年度の定義、抵当権の扱い、1次審査結果の通知方法など、定義と運用の整理

このうち採否に直結するのは前の2つです。厄介なのは、どちらも「要件を満たしているか」という入口の話ではなく、「計画の中身をどう評価するか」という物差しの変更だという点にあります。要件なら公募要領のチェックリストで確認できますが、物差しの変更は新しい様式を埋めているだけでは分かりません。2次で「要件は満たしていたのに落ちた」会社ほど、ここを見落としたまま出し直してしまう危険があります。

変更点1：賃上げは「投資の後」では遅い──「足下の賃上げ」の新設

2次までの賃上げ要件と、3次で足されたもの

この補助金の賃上げ要件は、補助事業が完了した日を含む事業年度（3次要領では「基準年度」と呼びます）の従業員1人当たり給与支給総額を起点に、その3事業年度後（「最終年度」）までの年平均上昇率が4.5%以上であること、というものです。4.5%は全国の最低賃金の直近5年間の年平均上昇率で、要領では「基準率」と呼ばれています。この骨格は2次から変わっていません。

変わったのは審査項目のほうです。3次要領の「主な審査内容」の経営力の項には、もともと「投資で生まれた利益を賃金として従業員に還元する計画が具体的で妥当か、持続的か」という項目がありました。ここに（※）が付き、注記が加わりました。基準年度から最終年度にかけての賃上げ率に加えて、工場の建設や設備の導入といった補助事業の完了を待たずに実施する「足下の賃上げ」を評価する、という内容です。

言い換えると、2次までは「工場ができて、売上が立ってから賃上げする」という筋書きで要件を満たせました。3次ではそこに「工場ができる前から賃上げを始めているか」という評価軸が重なります。要件ではなく審査項目ですから、満たさなくても門前払いにはなりません。ただし要領はこう続けています。最低でも、応募申請時の直近決算期から基準年度までの従業員1人当たり給与支給総額の年平均上昇率が物価上昇率を上回る程度の賃上げが達成されない計画は、審査上大幅に不利になる、と。

「物価上昇率を上回る程度」をどう読むか

「物価上昇率を上回る程度」という言い方には、公募要領のどこにも具体的な数字がありません。手がかりは、要領と同時に公開された「よくあるご質問」のQ43にあります。この賃上げ率は、インフレが進むなかでできるだけ早く物価上昇率を上回る賃上げをしてほしいという政府の「稼ぐ力強化戦略」の趣旨を踏まえたもので、各社が物価上昇率を踏まえて設定するもの、としたうえで、参考値として2次公募の採択者における足下の賃上げ（応募申請時の直近決算期から基準年度までの1人当たり給与支給総額の年平均上昇率）は平均3.3%、中央値3.0%だったと明かしています。

この数字は重く受け止めたほうがよいと思います。2次の時点で、足下の賃上げは審査項目ではありませんでした。それでも採択された会社の半数は、年平均3.0%以上の足下の賃上げを計画に入れていた。評価軸として明示される前から、通る計画には足下の賃上げが自然に入っていたわけです。3次ではそれが審査項目として明文化されました。事務局が「3%前後」を最低ラインとして示したというより、「2次の採択者はこれくらいだった。3次は評価対象になる以上、それを下回ると厳しい」と読むのが妥当でしょう。

もう一つ参考になるのが、直近の中小企業の賃上げの実勢です。連合が2026年7月に公表した2026年春季生活闘争の最終集計では、全体の賃上げ率は5.01%で3年連続の5%台、300人未満の中小組合に限っても4.69%でした。これは労働組合のある企業の定期昇給込みの数字で、補助金が見る「1人当たり給与支給総額」の伸び率とは物差しが違います。それでも、世の中の中小企業が4%台後半で賃上げをしている時期に、投資で成長を目指すと言っている会社が2〜3%の計画を出せば、「足下の賃上げには消極的なのだな」という印象を持たれても仕方がありません。2次採択者の中央値3.0%は「採択された会社の実績」、春闘の4.69%は「中小企業全体の実勢」。私見になりますが、この2つの間、3%台後半から4%台あたりを目安に置くのが、審査の面でも従業員への説明の面でも無理のない設定だと考えています。

実務上の線引きとしては、応募時の直近決算期から基準年度までの各年度で、1人当たり給与支給総額を年平均3%台後半から4%台を目安に、少なくとも消費者物価の上昇率をはっきり上回る水準で伸ばす計画になっているか、が最低線です。補助事業期間は交付決定から最長24か月なので、直近決算期から基準年度までは2〜3事業年度ほど（補助事業期間は9/29の申請開始までに確定の見通し）。この間の賃上げを「投資効果が出るまで待ち」でゼロ近くに置いた計画は、2次採択者の中央値と並べられた時点で不利になると考えておいたほうがよいでしょう。

なお、足下の賃上げを見る期間と、基準年度以降の要件期間は地続きです。基準年度から最終年度までの4.5%は「基準年度の水準」を起点に計算しますから、足下で賃上げをすれば起点が上がり、その後の4.5%も金額ベースでは重くなります。足下の賃上げとその後3年の賃上げを、ひと続きの5年分の人件費計画として組み直す必要がある、ということです。

表明義務とモニタリング──交付決定までにやること

注記はさらに、足下の賃上げについては採択後、交付決定までの間に従業員への表明を必須とし、補助事業期間中の賃上げ実績はモニタリングの対象とする、と書いています。2次でも基準年度以降の目標を従業員に表明することは求められていましたが、3次では前倒し分についても表明が必要になり、しかも工場を建てている最中の賃上げ実績まで事務局が見る形になりました。

「よくあるご質問」のQ44も押さえておきたいところです。やむを得ない事情で足下の賃上げ目標を達成できなかった場合、返還義務は生じません。ただし、交付決定までにその目標を従業員等に文書で表明することが必須で、この手続きを踏んでいないと不採択または交付決定の取消になることがある、とされています。返還されない代わりに、表明したかどうかが採択と交付の条件そのものになっている、と理解しておくべきでしょう。

経営者の立場からすると、採択されたら計画書に書いた足下の賃上げを全従業員、または従業員代表と役員に文書で表明することが交付決定の前提になります。採択から交付申請までは原則2か月以内なので、採択が見えてから賃上げ水準を社内で調整する時間はほとんどありません。応募の段階で、労務と財務の両面から腹を決めておく必要があります。

変更点2：「投資額1億円」に入るもの、入らないもの

資産計上するものに限る──外注費・専門家経費との線引き

補助事業の要件の一つ目は、補助対象経費のうち投資額が1億円以上（税抜き）であることです。投資額は建物費、機械装置費、ソフトウェア費の合計で、外注費と専門家経費は入りません。ここまでは2次と同じですが、3次では「ただし、資産計上するものに限る」という括弧書きが加わりました。

当たり前の確認のように見えますが、対照版を読み進めると、この一文が外注費と専門家経費の定義変更と対になっていることが分かります。外注費は「補助事業遂行のために必要な加工や設計、検査等の一部を外注する場合の経費」から「補助対象となる建物・機械装置・ソフトウェアの取得のために必要な加工や設計、検査等の一部を外注する場合の経費」へ。専門家経費も「本事業遂行のために依頼した専門家」から「補助対象となる建物・機械装置・ソフトウェアの取得のために依頼した専門家」へ変わっています。

さらに外注費の注記（※5）が書き換えられ、建物・機械装置・ソフトウェアの設計などを外注して、減価償却資産の耐用年数等に関する省令上の補助対象資産として資産計上する場合は、外注費ではなく該当する経費区分に計上するように、となりました。2次では「機械装置の製作を外注する場合は機械装置費に計上」という限定的な書き方でしたが、3次では設計費なども含めて「資産計上するなら資産の区分へ、しないなら外注費へ」という原則に揃えられた格好です。

影響が出るのは、投資額1億円の積み上げ方です。たとえば工場建設に伴う設計監理費は、会計上は建物の取得原価に含めて資産計上するのが普通ですから、3次では建物費に入り、1億円に数えられます。一方で、生産ラインの立ち上げ支援コンサルティングのように費用処理する支出は、専門家経費として補助対象にはなっても、1億円には数えられません。「何にいくら使うか」だけでなく「それを資産計上するか費用処理するか」という会計処理の判断が、要件を満たすかどうかに直結するようになりました。顧問税理士との擦り合わせは応募前に済ませておきたいところです。

「資産計上すれば何でも入る」わけではない──省令の区分が対象を決める

「資産計上するもの」という言葉を会計処理の問題としてだけ受け取ると、見落とす論点があります。公募要領の経費区分には、どの資産なら対象になるかが省令の区分名で具体的に書かれている、という点です。

• 建物費：減価償却資産の耐用年数等に関する省令における「建物」、建物と切り離せない「建物附属設備」、その「付帯工事（土地造成含む）」に係る経費
• 機械装置費：同じ省令の「機械及び装置」「器具及び備品」「工具」に係る経費
• ソフトウェア費：同じ省令の「事務機器及び通信機器」「ソフトウェア」「電気通信施設利用権」に係る経費

つまり、自社で資産計上すれば何でも投資額になるのではなく、省令上この区分に当たる資産として計上できるものでなければ、そもそも補助対象経費にならない、ということです。

実務でよく見かけるのが、門や塀、フェンス、駐車場のアスファルト舗装といった「構築物」に当たる工事を建物費に入れて申請しているケースです。公募要領は構築物を建物費の対象外と明記しています。機械装置費でも、設備メーカーの見積書に据付費や試運転費と並んで操作研修費や保守契約料が一式で載っていることがありますが、「機械及び装置」「器具及び備品」「工具」に当たらない項目は対象から外れます。要領も、経費区分の取り扱いは省令に基づいて判断し、法人税等の申告時の区分と一致させて申請するように求めています。

ですから、見積書は項目ごとに分解して、それぞれが省令上どの区分の資産に当たるのか、当たらないものが紛れていないかを、応募の段階で厳密に見ておく必要があります。交付申請時の精査で外れた項目の分だけ投資額は目減りし、1億円を割れば要件そのものを満たさなくなるからです。

審査の「設備投資比率」が「本補助事業に限る」に変わった

同じ系統の変更が、審査項目にも一か所あります。経営力の項の「企業の収益規模に応じたリスクをとった投資になっているか」を判断する材料として、売上高に対する設備投資額の比率が高い水準かを見るのですが、この設備投資額の括弧書きが「本補助事業を含む」から「本補助事業に限る」に変わりました。

2次までは、補助事業以外の設備投資、たとえば補助対象外である土地の取得費まで合わせて「当社は売上の何割を投資に回している」と示すことができました。3次では、補助事業そのものの投資額と売上高の比率だけを見ます。売上高10億円台の会社が1億円台の投資をする場合と、売上高90億円の会社が1億円ちょうどの投資をする場合とでは、「リスクをとった投資」としての評価がはっきり分かれることになります。規模の大きい会社ほど、補助事業の投資額そのものを会社の規模に見合った大きさで設計しないと、この項目で点を落とします。

ここで気をつけたいのは、比率を高くしようとして、補助対象にならない経費まで投資額に積み上げたくなることです。前項で見たとおり、3次では投資額は資産計上するものに限られ、経費区分も省令で厳密に決まっています。構築物や研修費、保守料まで建物費や機械装置費に含めて投資額を大きく見せた計画は、「設備投資比率を上げるために経費を水増しした」と受け取られかねません。そうなると、比率の評価が下がるだけでなく、計画全体の信用にかかわります。比率は、対象経費の範囲をきちんと守ったうえでの投資額で出すべきです。

3次に出すなら、2次の計画のどこを直すか

ここまでの内容を、2次の計画を持っている会社が3次に向けて見直す箇所として整理します。

1. 人件費計画の起点を「応募時の直近決算期」まで戻す。そこから基準年度までの各年度で、1人当たり給与支給総額が物価上昇率をはっきり上回る計画に組み直します。基準年度以降の4.5%は、上がった起点から計算し直します。賃上げの原資は補助事業の売上に頼らず、既存事業のキャッシュフローで賄える範囲で設計しておかないと、プレゼン審査で「投資が遅れたら賃上げはどうするのか」と聞かれたときに答えられません。
2. 投資額の内訳を「資産計上するか」と「省令のどの区分か」で仕分けし直す。設計費や導入支援費を外注費・専門家経費に置いているなら、資産計上するものは建物費・機械装置費・ソフトウェア費に移し、費用処理するものは1億円から外します。見積書の中に構築物や研修費、保守料が紛れていないかも確認します。その結果、1億円に余裕があるか、ぎりぎりなら投資の中身そのものを見直します。あわせて、売上高に対する補助事業投資額の比率を出し、会社の規模に見合った投資になっているかを見ておきます。
3. 資金調達の前提を確認する。補助事業で取得する建物などに抵当権を設定できるのは、3次要領では補助対象となる建物・機械装置・ソフトウェア等の取得に必要な資金調達に限られます。2次の「その他」の項にあった抵当権の記述は削除され、注意事項の項にまとめられました。金融機関の確認書（様式4）を取るなら、この前提を担当者と共有したうえで融資条件を詰めておきます。
4. スケジュールを逆算する。受付は2026年9月29日から10月29日15時まで、1次審査結果は2027年1月中旬に通知（2次までは「公表」）、プレゼン審査は2月15日から3月5日、採択公表は3月下旬以降です。補助事業期間は、2次までの「交付決定日から24か月以内」が「14か月以内〜24か月以内」という幅のある表記に変わりました。事務局に確認したところ、この幅のどこに落ち着くかはまだ決まっておらず、独立行政法人会計基準と関連規定に基づく予算執行可能期間を踏まえて調整中で、9月29日の受付開始までには確定して案内するとのことでした。最短の14か月になれば、工場建設を伴う計画では工程が成り立たなくなることもあり得ます。24か月を前提に工程を組んでいる会社は、確定を待って工程表を引き直す前提でいたほうがよいでしょう。

まとめ：3次は「投資の計画」から「人への投資を含む計画」へ

中小企業成長加速化補助金の3次公募で本質的に変わったのは、細かな要件ではなく審査の物差しです。工場や設備ができる前から賃上げを始めているかを見る「足下の賃上げ」の新設と、投資額1億円を資産計上ベース、しかも省令の区分に沿って厳密に数えるという整理。この2つはどちらも、「大胆な投資をする会社」から「投資と同時に人にも投資する会社」へと、事務局が採択したい企業像を一段はっきりさせたものと読めます。

2次で練った計画は、もちろん土台になります。ただ、土台の上に載せるものは2次と同じではありません。人件費計画を起点から組み直し、投資の内訳を会計処理と省令の区分で仕分けし、経営者自身が「なぜ今、賃上げと投資を同時にやるのか」を自分の言葉で語れる状態にして出す。それが3次で求められている準備です。

※本コラムは2026年8月20日公表の3次公募要領（Ver1.0）、2次公募対照版、および事務局の「よくあるご質問」に基づく一般的な情報提供です。応募にあたっては最新の公募要領を必ずご確認ください。

よくある質問（FAQ）

2次の計画を、3次の審査基準に合わせて組み直したい方へ

中小企業成長加速化補助金の3次公募は、賃上げの時期と投資額の積み上げ方という、計画の骨格にかかわる部分で2次から物差しが変わりました。プラネット行政書士事務所（静岡県伊東市）では、補助金事務局で100件超の審査を経験した中小企業診断士・行政書士が、人件費計画と投資内訳の見直しからプレゼン審査の準備まで伴走します。オンラインで全国対応、伊東・静岡県東部の方は対面でのご相談も可能です。
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